Aichi bắt đầu vạch kế hoạch cho chiếc E16A Zuiun trước khi chiếc tiền nhiệm của nó, chiếc thủy phi cơ Aichi E13A tháo vát được đưa vào hoạt động cùng Hải quân Đế quốc Nhật Bản. Chiếc E16 Zuiun là một kiểu thủy phi cơ trinh sát cấu trúc toàn kim loại được dự định để sử dụng trên các tàu chở thủy phi cơ và tàu tuần dương. Cánh có thể gấp lại để chứa dễ dàng. Những chiếc đời đầu được trang bị động cơ Kinsei 51 14 xy lanh bố trí hình tròn làm mát bằng không khí, công suất 1.300 mã lực, những kiểu sau được trang bị động cơ Kinsei 54 được cải tiến cung cấp tính năng tương đương. Nhằm vào vai trò máy bay ném bom bổ nhào, chiếc E16 được trang bị phanh bổ nhào thủng lỗ gắn trên các thanh chống phao nổi phía sau hình chữ N.

Chiếc E16 Zuiun vượt trội hơn chiếc E13 trên nhiều điểm, cho dù nó có kích thước và diện tích cánh nhỏ hơn chiếc E13. Zuiun có tốc độ tối đa nhanh hơn hơn 64 km/h (40 dặm mỗi giờ) và tốc độ bay đường trường nhanh hơn gần 112 km/h (70 dặm mỗi giờ) so với chiếc E13. Chiếc E16 cũng có trần bay cao hơn, tốc độ lên cao nhanh hơn, và tầm bay cũng xa hơn. So với vũ khí trang bị trên chiếc E13A gồm một bom 250 kg và một súng máy 7,7 mm gắn di động phía sau, chiếc E16 được trang bị đến hai pháo 20 mm gắn trên cánh, một súng máy 13 mm gắn di động phía và một bom 250 kg.